Consigo emitir um comprovante de pagamento feito via Whatsapp?

O Pagamento pelo WhatsApp é feito através do seu cartão de débito, portanto, não é gerado um comprovante dessa transação.

Você pode ver a movimentação no seu extrato da sua conta do Inter, como uma movimentação de débito ou também em seu histórico de pagamentos pelo aplicativo do WhatsApp, localizado na conversa com a pessoa para quem você enviou/recebeu valores.